Alle institutioner har etableret administrative procedurer for overtagelse af opfindelser - de kan derfor variere.

De typisk trin i ansøgningsproceduren er:
  

Opfinderen indberetter opfindelsen til sin forskningsleder eller direkte til den lokale patentenhed på et skema, der kan rekvireres fra patentenheden.

Opfinderen og evt. forskningsledelse indkaldes til et patentudvalgsmøde, hvor opfindelsen præsenteres for institutionens patentudvalg.

Institutionen træffer beslutning om, hvorvidt den ønsker at overtage opfindelsen.

Opfinderen får besked om denne beslutning senest 2 mdr. efter opfindelsen er indberettet (medmindre andet aftales).

Hvis institutionen vælger at overtage opfindelsen, iværksættes ofte en nyheds-undersøgelse, der skal vurdere, om opfindelsen er patenterbar.

Undersøgelsen foretages af et patentbureau i samarbejde med opfinderen. Hvis resultatet er positivt, udarbejder og indleverer patentbureau og opfinder en patentansøgning.

Samtidig indledes kommercielle sonderinger, der ofte ender med kontakt til en lille håndfuld potentielle licenstagere og samarbejdspartnere.

Det er en stor fordel, hvis opfinderen også i denne fase er aktivt inddraget i forløbet.

12 måneder efter indlevering af patentansøgningen udløber det såkaldte prioritetsår, hvor man har mulighed for at opdatere patentansøgningen.

Det er normalt vigtigt, at institutionen allokerer ressourcer i prioritetsåret til at under-bygge eller eftervise de patentkrav, der er indeholdt i patentansøgningen. Det må gerne ske sammen med en virksomhed, der ønsker at kommercialisere opfindelsen.

Der indleveres en international patentansøgning, ofte gennem det såkaldte PCT-system, der i princippet senere giver mulighed for udstedelse af patent i mere end 100 lande.

18 måneder efter indlevering af patentansøgningen offentliggøres den.

24-36 måneder efter indlevering af patentansøgningen indledes den egentlige sagsbehandling af ansøgningen hos de forskellige nationale myndigheder, man vælger at indlevere ansøgningen hos.

De nationale myndigheder udsteder det endelige patent.
 

Nogle institutioner vælger i den første fase at inddrage eksterne rådgivere til at vurdere opfindelsens kommercielle potentiale.

Der lægges desuden vægt på opfindelsens placering i forhold til institutionens fremtidige forskning på området.